Para limpiar archivos auxiliares ir a Herramientas/Limpiar archivos temporales
poner los siguiente:
nav,vrb,toc,svn,url,log,aux,dvi,lof,lot,bit,idx,glo,bbl,bcf,ilg,toc,ind,out,blg,fdb_latexmk,fls,run.xml,synctex.gz,snm